很多人对建筑企业直接管理的跨地区设立的项目部的税收问题有疑问，本人作了总结如下：

总机构直属的项目部企业所得税处理的两种情形：

1.有《外出经营活动税收管理证明》

总机构直属的项目部跨区施工情形。一般由总机构与建设方签订施工合同，且直接以总机构的名义组织施工。施工企业凭有效的《外出经营活动税收管理证明》回机构所在地缴纳企业所得税。但是建筑企业总机构直接管理的跨地区（指跨省、自治区、直辖市和计划单列市）设立的项目经理部（包括与项目经理部性质相同的工程指挥部、合同段等），根据国税函[2010]156号文件规定，自2010年1月1日起，要按项目实际经营收入的0.2%按月或按季度由总机构向项目所在地预分企业所得税，并由项目部向所在地主管税务机关预缴。总机构扣除已由项目部预缴的企业所得税后，按照其余额就地缴纳。

2、无《外出经营活动税收管理证明》

对于一些手续不齐全的挂靠单位，若没有按税法规定的时间、程序开具《外出经营活动税收管理证明》以及开具的证明超过税法规定的有效期限的，或者没有向所在地主管税务机关提供总机构出具的证明该项目部属于总机构或二级分支机构管理的证明文件的，应作为独立纳税人就地缴纳企业所得税，其工程项目所得税由工程所在地税务机关结合当地实际就地征收。

其他税税的纳税问题：

根据《营业税暂行条例》规定，异地施工，无论总、分支机构还是跨地区设立的不符合二级分支机构条件的项目经理部（包括与项目经理部性质相同的工程指挥部、合同段等），其营业税纳税地点的规定是一致的，均应在应税劳务发生地申报缴纳营业税以及城市维护建设税、教育费附加、地方教育费附加、防洪费等税费。带征的个人所得税由代扣代缴义务人在纳税人（员工）之间进行分配。

参考依据：

《关于跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理若干问题的通知》（国税函[2009]221号）

《关于建筑企业所得税征管有关问题的通知》（国税函[2010]39号）

《国家税务总局关于跨地区经营建筑企业所得税征收管理问题的通知》（国税函[2010]156号）

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