说起企业重组，不得不提起总局的两部重头文件：财税[2009]59号文《关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（以下简称59号文）以及总局2010年第4号公告《关于发布的公告》（以下简称4号公告）。以下仅就企业重组中涉及的股权收购事项进行分析。
说起企业重组，不得不提起总局的两部重头文件：财税[2009]59号文《关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（以下简称59号文）以及总局2010年第4号公告《关于发布<企业重组业务企业所得税管理办法>的公告》（以下简称4号公告）。以下仅就企业重组中涉及的股权收购事项进行分析。
1、一般性重组与特殊性重组
59号文所指股权收购，是指一家企业（以下称为收购企业）购买另一家企业（以下称为被收购企业）的股权，以实现对被收购企业控制的交易。收购企业支付对价的形式包括股权支付、非股权支付或两者的组合。
例如：A公司持有M公司100%的股权，持股的计税基础为100万元，2010年A公司将持有的股权转让给 B公司，该项股权经资产评估公司评估，其公允价值为300万元，B公司定向增发股票作为向A公司支付的对价。
按照一般性税务处理，则（1）A公司应确认股权转让所得：300-100=200万；缴纳企业所得税200×25%=50万。（2）A公司持有B公司股权，且计税基础为300万。（3）B公司持有M公司股权，其计税基础为300万。
考虑到重组企业纳税必要资金原则，总局在59号文中规定当满足一定条件时可以采取“特殊性税务处理”，即延迟纳税义务，在股权收购时暂不确认所得，待将来对外转让获取收益时再缴纳企业所得税。需满足的条件有5点：
（1）具有合理的商业目的，且不以免除、减少或推迟纳税为主要目的。
（2）收购企业购买的股权不低于被收购企业全部股权的75%.
（3）企业重组后的连续12个月内不改变重组资产原来的实质性经营活动。
（4）且收购企业在该股权收购发生时的股权支付金额不低于其交易支付总额的85%。
（5）企业重组中取得股权支付的原主要股东，在重组后连续12个月内，不得转让所取得的股权。
以上5点体现出的思路就是：重组必须是具有合理商业目的行为，不以避税为主要目的，不以短期持有股权获取利益为目的，且收购企业没有取得纳税必要资金。
上例按照特殊性税务重组处理：（1）A公司不确认股权转让所得；（2）根据59号文规定：“被收购企业的股东取得收购企业股权的计税基础，以被收购股权的原有计税基础确定”，则A公司持有B公司股权的计税基础为100万。（3）又根据59号文规定：“收购企业取得被收购企业股权的计税基础，以被收购股权的原有计税基础确定”，则B公司取得M公司股权计税基础为100万。
2、特殊性重组中非股权支付部分需要缴纳企业所得税
如前所述，特殊性重组条件中有一点是股权支付比例的限制，即收购企业的股权支付金额不得低于其交易支付总额的85%。但需要注意，此时非股权支付部分仍应按照一般重组模式，计算缴纳企业所得税。也就是说要将支付对价分为两部分处理，股权支付部分作为特殊性重组，非股权支付部分作为一般性重组处理。
例如：B公司收购A公司持有100%股权的M公司，A公司持股的计税基础为100万元，M公司股权的公允价值为300万元，B公司以30万元现金和定向增发的270万股权作为支付的对价，假设该项交易符合特殊性税务处理条件。
则税务处理如下：
1）A对定向增发的270万对应的股权转让不予确认转让所得，B按100*90%=90万确认计税成本。
2）对现金支付的30万按照一般性税务处理，A确认股权增值所得为：（300-100）*10%=20万，B按20万确认计税成本
3、非居民企业股权收购的特殊性税务处理
（1）需满足条件
国家对涉及到非居民企业的股权收购事项比较谨慎，因此在59号文中单独对涉及境内、境外间股权收购交易的特殊性税务处理作出规定，在满足前述5点条件的前提下，仍需满足以下三点才能适用特殊性税务处理：
（1）非居民企业向其100%直接控股的另一非居民企业转让其拥有的居民企业股权，没有因此造成以后该项股权转让所得预提税负担变化 ，且转让方非居民企业向主管税务机关书面承诺在 3年（含3年）内不转让其拥有受让方非居民企业的股权；
（2）非居民企业向与其具有100%直接控股关系的居民企业转让其拥有的另一居民企业股权；
（3）居民企业以其拥有的资产或股权向其100%直接控股的非居民企业进行投资。
对此问题总结如下：
利用特殊目的公司间接转让居民企业股权时，税法否定特殊目的公司存在的规定。
例如：境外A公司持有居民企业M公司100%股份，持股计税基础为1000万元，2009年将其以2000万元转让给某居民企业B公司，那么应该缴纳预提所得税1000万×10%=100万。而如果A公司在香港设立一个中间层公司，即：股权架构设计为A公司——中间层公司——M公司。那么A公司只需要将中间层公司100%股权全部转让给B公司即可达到目的，而A公司转让中间层公司，属于非居民企业转让非居民企业的股权，中国没有征税权，因此达到了避税的目的。
但2008年《企业所得税法》颁布后，引入了反避税条款，对于利用特殊目的公司避税的行为，从税收上予以否定。
《特别纳税调整实施办法（试行）》（国税发[2009]2号）第94条规定：税务机关应按照经济实质对企业的避税安排重新定性，取消企业从避税安排获得的税收利益。对于没有经济实质的企业，特别是设在避税港并导致其关联方或非关联方避税的企业，可在税收上否定该企业的存在。
《关于加强非居民企业股权转让所得企业所得税管理的通知》（国税函[2009]698号）第六条规定：境外投资方（实际控制方）通过滥用组织形式等安排间接转让中国居民企业股权，且不具有合理的商业目的，规避企业所得税纳税义务的，主管税务机关层报税务总局审核后可以按照经济实质对该股权转让交易重新定性，否定被用作税收安排的境外控股公司的存在。
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