深圳市地方税务局负责征收的税费：营业税、企业所得税、个人所得税、房产税、印花税、城市维护建设税、土地增值税、耕地占用税、契税、车船税、城镇土地使用税11个税种，以及教育费附加、文化事业建设费（娱乐业）的征管，代征地方教育附加、征堤围防护费、工会经费、省属驻深企业社保费。

深圳市国家税务局负责征收：增值税、消费税、企业所得税、车船购置税、文化事业建设费（广告业营业税）、废弃电器电子产品处理基金.

海关系统负责征收和管理的项目有：关税、船舶吨税。此外，负责代征进口环节的增值税、消费税。