根据《国家税务总局关于营业税若干问题的通知》（国税发〔1995〕076号，深地税发［1995］177号转发）中“代理业的营业额为纳税人从事代理业务向委托方实际收取的报酬”的规定，商标代理机构从事商标代理服务以商标代理总收入减去支付给国家商标局的商标注册费以及支付给境外专业商标代理机构的代理费后的余额为营业额计征营业税。

根据《财政部 国家税务总局关于营业税若干政策问题的通知》（财税〔2003〕16号，深地税发[2003]149号转发）的规定，商标代理机构支付给国家商标局的商标注册费凭财政票据才予以减除；支付给境外专业商标代理机构的代理费，必须凭外汇付汇凭证、外方公司的签收单据或境外公证证明才予以减除。
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