企业用户使用船舶吨税执照申请书预录入子系统和海关税费电子支付系统，共同完成船舶吨税电子支付业务。 

船舶吨税执照申请书预录入子系统主要提供申请书的新增、申报、修改以及查询打印的功能。同时，该子系统还提供了申请书回执信息的查询功能。

申请书海关审批通过后，H2000系统产生申请书“审批通过”回执和船舶吨税税单并向电子口岸发送。电子口岸将接收到的船舶吨税税单，发送到支付平台；

企业登录支付平台进行税费单查询和支付操作，支付平台收到银行的预扣成功回执后，经电子口岸向海关发送预扣成功回执；海关进行预扣核对，核对成功后打印纸质税单，并准许打印船舶吨税执照；已电子支付的船舶吨税打印时，海关向银行发送实扣通知，并经过电子口岸平台转发给支付平台，支付平台再通知银行进行实扣，实扣成功后经过电子口岸向H2000返回实扣成功回执；H2000收到实扣成功回执后进行税费单核注，船舶税费支付流程结束。

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