一、根据《国家税务总局关于企业年金个人所得税有关问题补充规定的公告》（国家税务总局公告2011年第9号）规定：“二、关于以前年度企业缴费部分未扣缴税款的计算补税问题
    《通知》第五条规定的企业缴费部分以前年度未扣缴税款的，按以下规定计算税款：
    （一）将以前年度未扣缴税款的企业缴费累计额按所属纳税年度分别计算每一职工应补缴税款，在此基础上汇总计算企业应扣缴税款合计数。
    （二）在计算应补缴税款时，首先应按照每一职工月平均工资额减去费用扣除标准后的差额确定职工个人适用税率，然后按照《通知》第五条规定计算个人实际应补缴税款。
　　1.职工月平均工资额的计算公式：
　　职工月平均工资额=当年企业为每一职工据以计算缴纳年金费用的工资合计数÷企业实际缴纳年金费用的月份数
　　上式工资合计数不包括未计提企业年金的奖金、津补贴等。
　　2.职工个人应补缴税款的计算公式：
　　纳税年度内每一职工应补缴税款=当年企业未扣缴税款的企业缴费合计数×适用税率－速算扣除数
　　上式计算结果如小于0，适用税率调整为5%，据此计算应补缴税款。
　　3.企业应补扣缴个人所得税合计数计算公式：
　　企业应补扣缴税额=∑各纳税年度企业应补扣缴税额
　　各纳税年度企业应补扣缴税额=∑纳税年度内每一职工应补缴税款。”
    二、根据《国家税务总局关于企业年金个人所得税征收管理有关问题的通知》（国税函〔2009〕694号）规定：“五、本通知下发前，企业已按规定对企业缴费部分依法扣缴个人所得税的，税务机关不再退税；企业未扣缴企业缴费部分个人所得税的，税务机关应限期责令企业按以下方法计算扣缴税款：以每年度未扣缴企业缴费部分为应纳税所得额，以当年每个职工月平均工资额的适用税率为所属期企业缴费的适用税率，汇总计算各年度应扣缴税款。”