当纳税人空白增值税专用发票丢失时，应根据《中华人民共和国发票管理办法实施细则》第三十一条规定处理：“即使用发票的单位和个人应当妥善保管发票，发生发票丢失情形时，应当于发现丢失当日书面报告税务机关，并登报声明作废。”因此，当纳税人丢失增值税专用发票时，必须马上按照规定程序向当地主管税务机关报告。并将丢失增值税专用发票的纳税人名称、发票份数、字轨号码等情况，向主管税务机关指定的报刊等媒介刊登公告声明作废，然后填报《发票丢失被盗登记表》，持IC卡到国税主管机关办理电子发票退回或作废手续。