根据《关于跨地区经营建筑企业所得税征收管理问题的通知》（国税函[2010]156号）规定，建筑企业总机构应汇总计算企业应纳所得税，按照以下方法进行预缴：
　　（一）总机构只设跨地区项目部的，扣除已由项目部预缴的企业所得税后，按照其余额就地缴纳；
　　（二）总机构只设二级分支机构的，按照国税发[2008]28号文件规定计算总、分支机构应缴纳的税款；
　　（三）总机构既有直接管理的跨地区项目部，又有跨地区二级分支机构的，先扣除已由项目部预缴的企业所得税后，再按照国税发[2008]28号文件规定计算总、分支机构应缴纳的税款。
    跨地区经营的项目部（包括二级以下分支机构管理的项目部）应向项目所在地主管税务机关出具总机构所在地主管税务机关开具的《外出经营活动税收管理证明》，未提供上述证明的，项目部所在地主管税务机关应督促其限期补办；不能提供上述证明的，应作为独立纳税人就地缴纳企业所得税。同时，项目部应向所在地主管税务机关提供总机构出具的证明该项目部属于总机构或二级分支机构管理的证明文件。