保税区内企业发生进料加工复出口业务适用《财政部 国家税务总局关于出口货物退（免）税若干问题的通知》（财税字[1998]116号）和《国家税务总局关于出口货物退（免）税若干问题的通知》（国税发[2003]139号），保税区内进料加工企业从境外进口料件，可凭保税区海关签发的“海关保税区进境货物备案清单”办理《生产企业进料加工贸易免税证明》等单证。所以，企业应按规定办理备案手续。
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