关键要看租赁合同的内容，如果是股东与出租人签定租赁合同，取得场地，用于注册公司在该地经营，后公司成立，租金由公司承担，发票开给公司，那么实际情况可判定公司作为房屋的实际使用人，租金可以入账；发票以股东名义为抬头，是不可以入账的。
建议以公司名义与房管所重新签订一份租赁合同，或者让房管所将发票收款人变更为公司。
房屋租赁合同的签订人是谁对申请一般纳税人是没有影响的，一般纳税人的认定主要还是看公司的销售情况。