原则上以一批出口业务（即一个报关单号码）对应一个关联号；如果多张进货发票对应一张报关单，则以该报关单为依据，编写一个关联号（一单对多票）；如果一张进货发票对应多张报关单，则以该进货发票为依据，编写一个关联号。（一票对多单，多张报关单对应多张进货发票的，则以相关的报关单和进货发票编一个关联号（多票对多单）。
对于一张进货发票对应多张报关单的情况。如果报关单分属不同的出口年月，不能在同一个申报期限内申报退（免）税的，同一进货发票不能在不同的申报期（包括申报批次）申报，应将原进货发票退回并根据实际报关情况对应、分别重新开具。如果可以在同一个申报期限内申报退（免）税的，则需要注意录入的计税金额累计不能超过该发票的总金额。